Program kedoktoran di CEU adalah program pengajian yang dibiayai sepenuhnya dengan tempoh standard selama 4 tahun yang menganugerahkan ijazah AS dan Austria. Matlamat utama program kedoktoran dalam Pengajian Moden Antik Akhir, Abad Pertengahan dan Awal adalah untuk menggalakkan penyelidikan abad pertengahan transdisiplin, membuka perspektif baharu, dan membangunkan pendekatan baharu.