Objektif utama program PhD dalam Kejuruteraan adalah untuk melatih juruteknik dan penyelidik yang berkelayakan tinggi, khususnya khusus dalam Mekatronik atau dalam Tenaga, yang mampu menjalankan penyelidikan bebas atau kerja eksperimen, dalam persekitaran korporat, serta dalam konteks universiti. . Tawaran Kitaran ketiga dalam Kejuruteraan dan Tenaga Mekatronik ialah urutan semula jadi Kitaran kedua, iaitu yang ditawarkan oleh University of Evora, MSc dalam Kejuruteraan Mekatronik dan MSc dalam Kejuruteraan Tenaga Suria, dan ia terhasil daripada penyelidikan yang dibangunkan di University of Evora, khususnya di Pusat Penyelidikan yang dinilai oleh FCT, di mana kitaran Profesor disepadukan sebagai penyelidik, iaitu ICT-Institut Sains Bumi dengan kaitannya dengan Pengerusi Tenaga Boleh Diperbaharui University of Evora dan Makmal Bersekutu LAETA untuk Tenaga , Pengangkutan dan Aeronautik. Program PhD ini menyediakan bidang pengkhususan lanjutan, dengan potensi antara disiplin yang luar biasa dalam bidang baru muncul, daripada kejuruteraan reka bentuk produk, instrumentasi, kawalan automatik dan penyeliaan Proses, kepada pembangunan pelbagai teknologi yang digunakan untuk kejuruteraan Mekatronik, kecekapan tenaga dalam proses, penangkapan tenaga , penukaran dan penumpuan.