Pengenalan

Bioinformatik adalah sains interdisipliner di antara bidang sains biologi, maklumat dan pengiraan, menggunakan pengiraan untuk memahami biologi dengan lebih baik. Bioinformatik melibatkan analisis data biologi, terutamanya DNA, RNA, dan urutan protein. Bidang bioinformatika mengalami pertumbuhan letupan bermula pada pertengahan tahun 1990-an, didorong oleh Projek Genom Manusia dan oleh kemajuan pesat dalam teknologi penjujukan DNA. Teknologi terkini dan novel menghasilkan set data biologi resolusi yang semakin meningkat yang mendedahkan bukan sahaja urutan genom tetapi juga RNA dan kekayaan protein, interaksi mereka antara satu sama lain, penyetempatan subselular mereka, dan identiti dan kelimpahan molekul biologi yang lain. Ini memerlukan pembangunan dan penggunaan kaedah pengiraan yang canggih. Bioinformatika menggunakan pendekatan komputasi untuk menganalisis corak data biologi dan untuk mewujudkan model kompleks aktiviti biologi, termasuk cubaan untuk menjelaskan fungsi gen dan interaksi mereka dalam Pathways genetik. Manfaat sosial yang meluas dijangka daripada eksploitasi kekayaan pengetahuan baru mengenai mekanisme genetik kehidupan dan proses yang berkaitan.

Analisis dalam bioinformatik memusatkan perhatian pada tiga jenis dataset besar yang terdapat dalam biologi molekul: struktur makromolekul, urutan genom, dan hasil eksperimen genomik fungsional (misalnya data ungkapan). Maklumat tambahan termasuk teks kertas saintifik dan "data perhubungan" dari Pathways metabolik, pokok taksonomi, dan rangkaian interaksi protein protein. Bioinformatika menggunakan pelbagai teknik pengiraan termasuk urutan dan penyesuaian struktur, reka bentuk pangkalan data dan perlombongan data, geometri makromolekul, pembinaan pokok phylogenetic, ramalan struktur dan fungsi protein, penemuan gen, dan clustering data ekspresi. Penekanan adalah pada pendekatan mengintegrasikan pelbagai kaedah pengiraan dan sumber data yang heterogen.

Objektif utama program PhD dalam Bioinformatika di kampus antarabangsa Kish adalah untuk melatih generasi ahli biologi pengkomputeran untuk akademik, industri dan kerajaan.

Kurikulum PhD

PhD Bioinformatics memerlukan penyelesaian 32 kredit, satu set kursus teras (9 kredit), satu seminar (1 kredit) dan 8 kredit kursus elektif dan tesis PhD (18 kredit). Penekanan utama program ini adalah untuk berjaya menyelesaikan projek penyelidikan asli dan bebas yang ditulis dan dibela sebagai disertasi.

Peperiksaan Komprehensif

Peperiksaan Komprehensif perlu diambil paling awal pada akhir semester 4 dan diperlukan sebelum pelajar dapat mempertahankan cadangan PhD. Pelajar akan mempunyai dua peluang untuk lulus Ujian Komprehensif PhD. Sekiranya pelajar menerima penilaian "tidak memuaskan" pada percubaan Peperiksaan Komprehensif pertama mereka, pelajar boleh merebut kembali kelayakan. Kegagalan kedua akan menyebabkan penamatan dari program. Peperiksaan Komprehensif direka untuk memastikan pelajar itu mula awal mendapat pengalaman penyelidikan; ia juga memastikan bahawa pelajar mempunyai potensi untuk menjalankan penyelidikan tahap doktor.

PhD PROPOSAL

Cadangan PhD mesti mengandungi Tujuan Khusus, Reka Bentuk Penyelidikan dan Kaedah, dan Cadangan Kerja dan Garis Masa. Di samping itu, cadangan itu juga mesti mengandungi bibliografi dan, sebagai lampiran, sebarang bahan penerbitan / bahan tambahan. Pelajar mesti mempertahankan cadangan tesis mereka kepada jawatankuasa mereka dalam peperiksaan lisan.

THESIS

Pelajar harus memilih penasihat tesis (dan satu atau dua penasihat bersama jika diperlukan) dalam tahun pertama dalam program PhD, yang diluluskan oleh jawatankuasa Fakulti. Pada tahun kedua, jawatankuasa tesis yang dicadangkan oleh penasihat bersama dengan cadangan PhD harus diserahkan untuk kelulusan. Jawatankuasa tesis hendaklah terdiri daripada sekurang-kurangnya lima orang ahli fakulti. Dua ahli jawatankuasa tesis mestilah dari Universiti lain di peringkat Profesor Madya. Tidak lewat daripada akhir semester 5, seorang pelajar perlu membentangkan dan mempertahankan cadangan PhD bertulis.

KEMAJUAN PENYELIDIKAN

Pelajar dijangka bertemu dengan jawatankuasa tesisnya sekurang-kurangnya setahun sekali untuk mengkaji kemajuan penyelidikan. Pada awal setiap tahun kalendar universiti, setiap pelajar dan penasihat pelajar dikehendaki mengemukakan penilaian penilaian kemajuan pelajar, menggariskan pencapaian dan pelan tahun yang lalu untuk tahun semasa. Jawatankuasa tesis mengkaji ringkasan ini dan menghantar pelajar surat yang meringkaskan status mereka dalam program. Pelajar yang gagal mencapai kemajuan yang memuaskan dijangka membetulkan sebarang kekurangan dan berpindah ke tonggak seterusnya dalam masa satu tahun. Kegagalan berbuat demikian akan mengakibatkan pemecatan daripada program ini.

PhD DISSERTATION

Dalam masa 4 tahun selepas memasuki program PhD, pelajar itu dijangka dapat menyelesaikan penyelidikan tesis; pelajar mesti mempunyai hasil penyelidikan yang diterima atau diterbitkan dalam jurnal peer reviewed. Setelah mengemukakan tesis bertulis dan pertahanan awam dan kelulusan oleh jawatankuasa, pelajar itu dianugerahkan ijazah PhD. Pertahanan akan terdiri daripada (1) penyampaian disertasi oleh pelajar siswazah, (2) dipersoalkan oleh penonton umum, dan (3) dipersoalkan oleh jawatankuasa disertasi. Pelajar akan dimaklumkan tentang keputusan peperiksaan itu apabila selesai semua tiga bahagian pertahanan disertasi. Semua ahli jawatankuasa mesti menandatangani laporan akhir jawatankuasa doktor dan versi akhir disertasi.

IPK minimum 16 lebih dari 20 mesti dikekalkan untuk tamat pengajian.

Kursus Penamaan (tidak berkenaan dengan ijazah)

PhD dalam Bioinformatics menganggap ijazah Sarjana dalam bidang berkaitan. Walau bagaimanapun, pelajar yang memegang mana-mana ijazah sarjana yang lain di samping akan diperlukan untuk menyelesaikan beberapa kursus meratakan berikut yang direka untuk memberikan latar belakang untuk kursus PhD. Kursus meratakan ini tidak dikira untuk kredit siswazah ke arah PhD dalam Bioinformatik.

Kursus meratakan: Sebanyak 3 kursus diperlukan; 6 kredit

Kursus Teras: 4 kursus diperlukan; 10 kredit

Kursus Elektif: 4 kursus diperlukan, 8 kredit

Penerangan Kursus

Bioinformatik lanjutan

Kandungan kursus:
Pengenalan kepada Bioinformatik, Pengenalan kepada Biologi Molekul, Pangkalan Data Biologi, Pemprosesan Biologi Urutan dengan MATLAB, Homologi Urutan, Penjajaran Protein, Penjajaran Seiring Alignment, Alignment Tools, Kaedah Biolinguistik, Model Sequence, Model Corak Segera, Model Gen, Pengenalan kepada Semula Phylogenetic, Distance Kaedah berdasarkan, Kaedah Berdasarkan Watak: Parsimony, Kaedah Probabilistic: Kemungkinan Maksimum, Microarrays, Matlab

Algoritma dalam bioinformatik

Kandungan kursus:
Pengenalan kepada Biologi Molekul, Kesesuaian Urutan, Pokok Sufiks, Genome Alignment, Carian Pangkalan Data, Pelbagai Urutan Penjajaran, Pembinaan Semula Phylogeny, Perbandingan Phylogeny, Penyusunan Genom, Penemuan Motif, Prediksi Struktur Sekunder RNA, Sequencing Peptide, Genetik Populasi

Bioinformat struktur

Kandungan kursus:
Model pemodelan molekular, Menentukan bioinformatik dan struktur, Asas struktur protein, Cari dan persampelan dalam struktur, Kaedah carian, Analisis data dan pengurangan, Penglihatan molekul

Genomik komputasi

Kandungan kursus:
Pengenalan, Konsep Epidemiologi Genetika, Integrasi Analisis Linki dan Data Seakan Generasi Seterusnya, QTL Pemetaan Ciri Molekul untuk Kajian Penyakit Kompleks Manusia, Menarik Kepentingan dalam Haplotype Dari Penanda Genetik untuk Ramalan Gene, Pendekatan Analitik untuk Data Sequence Sequence, Analisis Variasi Rare dalam Individu yang Tidak Berkaitan, Duplikasi Gene dan Konsekuensi Fungsian, Dari GWAS ke Penjelmaan Generasi Seterusnya pada Penyakit Kompleks Manusia Implikasi untuk Perubatan Translasi dan Terapeutik

Pemodelan metabolik

Kandungan kursus:
Metabolisme sintetik Kejuruteraan dari Pemodelan Metabolik kepada Reka Reka bentuk Peranti Biosintetik, Bangunan sterol sintetik dengan pengkomputeran mengunci rahsia evolusi? , Ciri-ciri Sucrose Transport melalui Poric Specific Porin ScrY Dididik oleh Simulasi Dinamik Molekul, Penyelesaian Fast untuk Electrostatics Biomolecules Tersirat, Reka Bentuk Berasaskan Model Mikroreaktor Biokimia, Biologi kanji bawah dengan kajian in vitro pada enzim aktif karbohidrat dan glycomaterials biosynthetic, Compartmentalization dan Pengangkutan dalam Vesikel sintetik, Metabolomik piawai dan pemodelan metabolik untuk biologi sintetik dalam tumbuh-tumbuhan, Adakah Ramalan Selaras dengan Bukti Eksperimen? Pengoptimuman Pengeluaran Kejuruteraan Prekursor Glucoraphanin Dihomomethionine di Nicotiana benthamiana, Peptida sintetik sebagai Protein Mimik, Perancah Protein sintetik Berdasarkan Motif Peptide dan Domain Adaptor Cognate untuk Meningkatkan Produktiviti Metabolik, Kejuruteraan Pathways metabolik oleh saluran enzim buatan

Pemodelan dalam biologi sistem

Kandungan kursus:
Dasar-dasar Biologi, Asas Pemodelan Matematik, Penentukuran Model dan Rekabentuk Eksperimental, Pemodelan Proses Selular, Penukaran Enzimatik, Proses Pempolimeran, Transduksi Sinyal dan Sistem yang Dikawal Secara Genetik, Analisis Modul dan Motif, Kaedah Umum Analisis Model, Aspek Teori Kawalan, Motif dalam Rangkaian Selular, Analisis Rangkaian Selular, Kejuruteraan Metabolik, Ciri Topologi

Perlombongan data lanjutan

Kandungan kursus:
Pengenalan kepada Perlombongan Data dalam Bioinformatika, Pengarkian Profil Hierarki dan Aplikasi dalam Kaedah dan Praktik Bioinformatika Menggabungkan Sistem Pemarkahan Pelbagai, Visualisasi Sequence DNA, Proteomics dengan Spektrometri Massa, Analisis Efisien dan Pantas Dataset Phylogenetic Besar, Aspek Algoritmik Protein Threading, Differentiation Pattern Formulasi untuk Data Genomik Heterogen, Teknik Pengelasan Parameterless untuk Analisis Ekspresi Gene, Pemilihan Jenam Diskriminasi Bersama untuk Pengklasifikasian Molekul Kanser, Sistem Analisis Haplotype untuk Gen Penemuan Penyakit-Penyakit Umum, Rangka Kerja Bayesian untuk Meningkatkan Ketepatan Protein Berkelompok

Pembelajaran mesin

Kandungan kursus:
Kenapa kita berminat dalam pembelajaran mesin, statistik pembelajaran Mesin dan analisis data, Pengenalan corak, rangkaian saraf dan pembelajaran mendalam, Kelompok pembelajaran dan cadangan, Belajar untuk mengambil tindakan, Di manakah kita pergi dari sini?

Reka bentuk Dadah Berbantu Komputer

Kandungan kursus:
Pendekatan Mekanik dan Molekul Kuantum, Sistem Logam Peralihan, Interaksi Protein-Protein Pemangkinan oleh badan yang tegar, Pemodelan Berdasarkan QM, Status Semasa dan Masa Depan
Program diajar dalam:
  • English

Lihat 10 lagi program yang ditawarkan oleh University of Tehran, Kish International Campus »

Kursus ini Lokasi Kampus
Start Date
Sep 2019
Duration
Permintaan Maklumat
Sambilan
Sepenuh masa
Ikut lokasi
Ikut tarikh
Start Date
Sep 2019
Tarikh tutup permohonan

Sep 2019

Location
Tarikh tutup permohonan
End Date